我國科研人員開發(fā)檢驗(yàn)基因表達(dá)“開關(guān)”可靠性的數(shù)據(jù)庫
來源： 新華社
2025-12-03 20:06:00
新華社南京12月3日電（記者陳席元）RNA甲基化修飾被認(rèn)為是控制基因表達(dá)的“開關(guān)”，但長期以來，該領(lǐng)域研究中有關(guān)基因位點(diǎn)是否有修飾的實(shí)驗(yàn)結(jié)果并不穩(wěn)定。
記者3日從位于江蘇蘇州的西交利物浦大學(xué)獲悉，該校助理教授魏震團(tuán)隊(duì)綜合近1400種研究數(shù)據(jù)，開發(fā)可交叉驗(yàn)證的RNA甲基化修飾位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫，為今后評價(jià)相關(guān)實(shí)驗(yàn)結(jié)論是否可靠提供參考。研究成果3日發(fā)表在國際學(xué)術(shù)期刊《核酸研究》上，并向全球免費(fèi)開放。
魏震介紹，RNA甲基化修飾能控制基因的表達(dá)，被認(rèn)為與多種疾病密切相關(guān)，也是近年來國內(nèi)外生物學(xué)研究的熱點(diǎn)。
然而，該領(lǐng)域長期面臨一大難題，同一個(gè)基因、同一處位點(diǎn)，采用不同的檢測方法，會(huì)得到大相徑庭的檢測結(jié)果。
“這篇論文認(rèn)為某位點(diǎn)有修飾，那篇論文認(rèn)為沒有修飾，令后來的研究者無所適從，只能重新測一遍，造成重復(fù)勞動(dòng)和資源浪費(fèi)?！蔽赫鹫f。
團(tuán)隊(duì)想到，可以用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法回顧已有研究，檢驗(yàn)各類實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。
魏震告訴記者，過去兩年里，團(tuán)隊(duì)重點(diǎn)收集了東亞、北美、歐洲三大公共數(shù)據(jù)庫1393個(gè)生物學(xué)樣本的原始測序數(shù)據(jù)，覆蓋了10種常用的RNA甲基化修飾檢測技術(shù)。
通過“正交驗(yàn)證”算法，團(tuán)隊(duì)識別出13.5萬個(gè)高置信度RNA甲基化修飾位點(diǎn)，建成標(biāo)準(zhǔn)統(tǒng)一、直接可比的數(shù)據(jù)庫，目前已有24個(gè)國家的科研人員使用。
“這個(gè)數(shù)據(jù)庫將幫助科研人員區(qū)分實(shí)驗(yàn)中出現(xiàn)的信號，哪些是可靠的生物學(xué)標(biāo)記，哪些只是實(shí)驗(yàn)噪音?！蔽赫鸨硎?，研究中團(tuán)隊(duì)還發(fā)現(xiàn)6000多個(gè)基因變異，其中有些變異與抑郁癥等復(fù)雜疾病的RNA甲基化修飾位點(diǎn)呈現(xiàn)高度相關(guān)性，有望為科學(xué)家探究疾病的分子機(jī)制提供新角度。